Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма начинаются в момент постройки космического подъемника "Эндимион" в Академия-Сити. В этот момент главный герой, Тома Камидзё, вместе со своей подругой, Индекс, случайно встречают Арису Мэйго, эспера нулевого уровня. Но их спокойное знакомство нарушается, когда "Ассоциация магов" начинает преследовать Арису и нападать на город. В ответ на угрозу сопротивление организует Шатаура Секвенция, который становится его лидером. Постепенно выясняется, что Арису является ключом к разжиганию войны между миром магии и миром науки. Главные герои понимают, что им придется принять участие в этой кровопролитной борьбе и защитить город от опасности. Стэйл Магнус раскрывает им тайну Арисы, которая может как спасти, так и разрушить мир. Тома, Индекс и Ариса сталкиваются с морем препятствий и опасностей на своем пути. Они понимают, что им придется сделать выбор между дружбой и предательством, между спасением и катастрофой. В течение фильма герои пройдут через испытания, которые покажут их настоящие чувства и убеждения. В их руках судьба мира, и только правильные решения и действия помогут им предотвратить катастрофу. Но смогут ли они найти силы и мудрость, чтобы справиться с невидимой угрозой, которая таятся в тени? Время их испытаний настало, и от их решений зависит будущее всех миров.