Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События фильма разворачиваются после окончания сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона», когда карточная игра стала неотъемлемой частью жизни многих игроков, включая Айти Сэндо и Тосики Кая. Но их спокойную рутину нарушает Такуто Тацунаги, объявивший турнир по приглашениям, на который пригласил сильнейших игроков из всего мира, включая главных героев. Целью этого турнира является спасение мира от неминуемой гибели, а главным призом становится карта «Гармоничного Мессии». В это же время по всему миру начинают происходить загадочные исчезновения воинов, у которых были карты «Авангарда». Ответственным за это оказывается загадочный человек по имени Кодзи Ибуки. Теперь на плечи Айти и Тосики ложится ответственность спасти мир от разрушения и остановить Кодзи, прежде чем будет слишком поздно. На кону не только их собственные жизни, но и будущее всего мира, ибо тень грозящей катастрофы нависла над всеми. Смогут ли герои одолеть своего могущественного врага и предотвратить наступление хаоса? Время работает против них, и каждое решение может оказаться решающим в этой битве добра против зла.