Исчезновение Харухи Судзумии

В середине декабря глава бригады SOS Судзумия Харухи предложила провести Рождество в комнате клуба за рождественским ужином. Все члены клуба приняли это предложение и начали активно готовиться к празднику. Однако вскоре Кён начал замечать странные вещи происходящие вокруг. Разговор с Танигути стал непонятным, он заболел и перестал помнить прошлые разговоры. Когда он пришёл в класс, то обнаружил, что Харухи там нет, а её место заняла Рёко Асакура. Она разговаривала с Кёном так, словно ничего не произошло. Микуру Асахина не узнала Кёна, а Нагато стала обычной девушкой, единственной членом литературного клуба. Постепенно стало становиться ясно, что бригады SOS и Харухи никогда не существовало в этой школе. Всё было как будто сбито с пути и перевёрнуто вверх дном. Что же произошло с реальностью и каким образом можно вернуть все обратно на свои места? Или это всё лишь иллюзия или порождение чьего-то большого и безжалостного вмешательства?